从撰写体例上看，打破了传统学术史以儒学为重点，以人物学派为中心的旧体例，把诸子百家的研究纳入近代学科分类的框架之中，变“以人为主”为“以学为主”。在此以前，中国学术思想史著作多以黄宗羲的《明儒学案》一书为范例，其写法是以王朝兴替为断限，以人物为中心，以学派源流为线索来撰写。这种写法虽然长于表现个别学派和学者个体的情况，但却难于从整体上反映思想学术的变化规律和特点。刘师培的《周末学术史序》则打破了旧学术史的体系，把先秦诸子纳入近代学科分类体系之中。他在书中开列的学科计有心理学、伦理学、论理学、社会学、宗教学、政法学、计学、兵学、教育学、理科学、哲理学、术数学、文字学、工艺学、法律学、文章学等16门。他认为，近代的这些学科在中国先秦时代早已齐备，并均有系统研究，有些学科的研究达到一定的深度。如心理学“唯孔子性近习远之旨立说最精。”[106]伦理学方面，墨家、老庄、杨朱、韩非子、商君、管子等都有创见，但“汉魏以降，学者侈言伦理，奉孔孟为依归，视诸家为曲说，故诸子学术湮没不彰，亦可慨矣。”[107]刘师培最推崇荀子的名学思想，认为它已经具备了归纳逻辑法与演绎逻辑法：“归纳者即荀子所谓大共也，故立名以为界。演绎者即荀子所谓大别也，故立名以为标。”[108]在政治学方面，儒家“以德为本，以政刑为末，视法为至轻”，把权力集中于君主一人之手，而又不以法律加以限制，是“不圆满之政法学也”，不足为训。墨家主张平等，“较之儒家，其说进矣。”法家“虽以主权为君，然亦不偏于专制。”[109]在经济学方面，他最赞同管子的“贷国债”“税矿山”的主张，认为这与西方国家“所行之政大约相符”，是先秦诸子各家中唯一“以富民与富国并重者。”[110]总之，刘师培的分析论述贯彻了反封建的民主精神，对儒家学说中的敬天法祖、尊君崇上、重本抑末、禁私禁欲等观念进行了鞭挞，而对诸子百家中带有进步性、民主性的思想因素予以充分的肯定，高度评价了墨家的“兼爱”思想、道家藐视权贵的精神及管子富国富民主张，为诸子学研究作出积极贡献。