郑军乘势围攻泉州。这时，康熙皇帝一面调遣江南、京口的汉兵急援福建；一面激励康亲王等将军大臣，勿以失援海澄而自沮，务必“时加鼓励，果能灭贼复疆，则前罪自释”。与此同时，他还撤换了福建总督郎廷相，巡抚杨熙也以年老原官归里。五月，擢升屡立战功的福建布政司姚启圣为福建总督，按察司吴兴祚为福建巡抚，江宁提督杨捷为福建水陆提督。
姚启圣，字熙之，一字忧庵，原为浙江会稽人，后隶汉军镶红旗。康熙二年，中举，授广东香山知县，不久因事革职。“三藩”叛乱后，投至康亲王军前，屡献奇谋，甚得康亲王器重，以功从代理知县累升至布政使。
总督姚启圣上任后曾向将军喇哈达指出：“贼兵不过三万，虑其聚而势雄。今得诸邑，必当分众把守，众分则势弱，势弱则破之易也。此兵法所谓兵多贵分，兵少贵合者”。其实，郑将刘国轩已深感兵力不足，不得不强拉当地乡勇充伍，强制遣送充伍的乡勇家口到台湾当作人质，因此，引起安土重迁的百姓怨愤，加之科敛无度，民力已竭。由此可见，郑军在占领区是站不稳脚跟的。